对于治疗目标，我国指南是从逻辑顺序上来叙述的，即抗病毒的目标是最大限度地长期抑制或消除HBV，减轻肝细胞炎症坏死及肝纤维化，延缓和阻止疾病进展，减少和防止肝脏失代偿、肝硬化、HCC及其并发症，从而改善生活质量和延长生存期［中国指南］。2009年版EASL指南则更强调减少肝硬化、HCC及改善生存和生活质量远期临床预后^［３０］，NIH的共识会意见也提出现有的病毒学、血清学及组织学应答指标只是间接反映远期临床预后的替代指标（Surrogate Markers）。由此可见：病毒学、生化学、组织学指标的改善是直接目标或近期目标，而肝硬化、HCC的减少及生存的改善是根本目标或远期目标。前者是实现后者的必要条件，但是否为充分条件尚需更多的研究来支持。至今，只有极少数随机对照临床试验采用真正的临床终点指标，如肝硬化失代偿或Child－Pugh评分的变化及HCC的发生^［29］。　　

然而从一般临床研究和临床实践的角度来看，采用真正的临床终点是不太现实的，因此以下3个层次的替代治疗终点常作为临床治疗终点或停药标准。　　

第一层次是理想的终点：不论HBeAg阳性或阴性患者，HBsAg消失（伴或不伴抗-HBs的出现）。 如果能达到这个终点，则生化指标持久复常、炎症坏死明显减轻、纤维化进展停止^［14］，而且肝硬化和HCC的发生率也明显降低。但值得注意的是，即使在HBsAg清除后仍有极少数人发生HCC，特别是50岁之后发生HBsAg清除或清除前HBsAg阳性超过30年的患者^{［23，24］}。但是，采用目前的治疗方法HBsAg血清转换率很低，即时经聚乙二醇干扰素治疗后，年发生率仅为3%左右，4年的累积发生率约为10%^［20-22］。核苷（酸）类似物治疗过程中，HBsAg消失率更低。因此，这一目标会给病人带来完全康复的信心和希望，但目前对多数病人来说达到这一理想的终点只能是一个“理想”。　　

第二个层次是满意的终点： HBeAg阳性的患者实现HBeAg血清转换。抗病毒治疗可以加快HBeAg血清转换的发生并改善预后，包括持久的降低HBVDNA水平，^［16］减轻纤维化、减少肝硬化的发生以及降低肝炎复发率^{［15，17］}。对于HBeAg阳性的患者来说，这一终点比较现实，故应该努力争取。经聚乙二醇化干扰素治疗48周，HBeAg血清转换率为32%，^［2］核苷（酸）类似物治疗一年后，转换率为12-23%，^［25］治疗至2-3年时，达到30-40%。^{［4，26，27］}应该注意，实现HBeAg血清转换后，应用核苷（酸）类似物治疗的患者应至少巩固治疗6～12个月，以减少复发的可能性^［28］，但仍有部分患者会出现复发。　　

第三个层次是基本的终点： 对于未能实现血清转换的HBeAg阳性患者和HBeAg阴性患者，采用核苷（酸）类似物长期治疗，保持HBV DNA在不可测水平是必要的基本终点。因为血清中HBV DNA浓度（≥2,000IU/ml）是肝癌和肝硬化发生的重要预测因素^{［18，19］}，因此，有效抑制病毒复制能够改善患者临床的临床预后［２９］。为实现这一目标，必须选择抗病毒活性、耐药发生率及成本效果比三个方面均比较适宜的治疗方案，对患者进行长期、系统、规范的抗病毒治疗和随访观察。